全国政协委员国土资源部原党组成员中国地质调查局原局长孟宪来建议，在进行资源税改革的同时，应进一步改革完善矿产资源补偿费制度。
　　孟宪来指出，随着经济的发展改革的深化，与时俱进地改革完善实行多年的矿产资源补偿费制度是必然的。但是，把矿产资源补偿费看作一般的行政性收费，主张将二者合并，只保留资源税，则弱化了国家矿产资源的财产权益。他认为，目前我国矿产资源税费制度中确定的各项税费分别调整某一方面的经济关系，虽有不尽完美之处，但相互之间并无实质性的冲突和交叉。实行矿产资源补偿费制度，目的是维护国家对矿产资源的财产权益，本质是国家凭借矿产资源的所有权向矿业权人征收的费用，调节的是资源所有者与采矿权人之间的产权关系，并对已消耗的资源性资产进行货币性资产补偿。无论企业盈利与否都应当对国家的资源耗竭进行补偿，按规定缴纳矿产资源补偿费。这种规定与国际上通行的由国家征收的矿产资源“权利金”，其法律意义是一样的，显然不是一般意义上的行政性收费。资源税则是政府为满足行政职能的财政需要，凭借其政治权力以鼓励企业平等竞争为目的征收的，主要是为了调节因为地理交通资源禀赋等不同造成的开发主体间的级差收益。二者各有其不同的征收目的和调节功能，不能相互替代。
　　孟宪来建议，进一步改革完善矿产资源补偿费制度，提高矿产资源补偿费征收费率。《矿产资源补偿费征收管理规定》的附录明确规定了具体矿种的征收费率，最高为4%，最低为0.5%，平均为1.18%。进入新世纪以来，我国矿业经济快速发展，矿产品量价齐升，偏低的矿产资源补偿费征收费率与这种矿业发展现状不相适应，影响国家所有者财产权益的实现，影响国家宏观调控的力度。建议有关部门研究在清理一般性行政收费的同时，提高矿产资源补偿费征收费率，名正言顺地维护国家对矿产资源的财产权益，并完善征收的方式方法。同时，应调整矿产资源补偿费收入的中央地方分成比例，加大对地方发展的支持力度。随着矿产资源勘查开发投资多元化的发展和矿产资源管理体制的改革，地方政府承担着越来越繁重的任务，建议对现行的矿产资源补偿费分成比例向地方倾斜，向矿产资源所在地倾斜，明确提取一定比例用于加强矿区生态环境保护恢复治理和和谐矿区建设；向矿产资源富集但尚未开发前景看好的地方倾斜，让这些地方有财力实现跨越发展。